
Bergens kanske mest speciella miljö är den betade alvarmarken. Här finns kala hällar med tunt jordlager där kalkstenen blottas i dagen. Den tunna jorden växlar snabbt från översvämmad till uttorkad. Även om miljön är karg så har den ett rikt och unikt växt- och djurliv. Växtligheten präglas av tåliga mossor och lavar samt ett åriga örter som hinner blomma och sätta frö på kort tid. Alvar finns bara några få ställen i världen, i Sverige främst på Öland och Gotland men också några platser i platåbergslandskapet. Förutom på Kinnekulle bland annat vid Dala och Vilske-Kleva på Falbygden.
På våren växer orkidén Sankte Pers nycklar i stor mängd på heden vid kyrkan. Växterna på det tunna jordlagret är oftast små och kryper utmed marken, t.ex. backtimjan och olika fetknoppsarter. Här kan man också hitta den lilla sällsynta kalknarven med vita blommor, som bara finns här och på Gotland. Inom reservatet finns även lövskogar och kärr.
Ortocerkalkens understa skikt, undre rödstenen som Östeplana hed och vall är beläget på, är utformad som en markant klev (rödstenskleven), som kan ses runt hela Kinnekulle. Rödstenskleven är gräns för reservatet i öster med vackra vattenfall och rasbranter.